Büyük Ortadoğu Projesi ile Gülen'in ve hareketin şu ana kadar olan fikir dokusu ile olan uyuşmazlığı şu maddeler ile özetlenebilir:

1- Proje genel anlamda Ortadoğu'yu parçalamayı, özelde ise bölge ülkeleri ve toplumlarını bazı etnik, mezhepsel ve siyasi kriterlere göre yeniden şekillendirmeyi hedefleyen bir projedir. Ama Gülen hareketinin inanç tabanlı söylemi çatışmadan uzak, en temel manada insan olma ortak paydasında bile buluşabileceği, diyalogdan yana bir söylemdir. Her türlü şiddete karşıdır. Hareket toplumların bütün farklı kısımlarını birleştirmeyi amaçlamıştır ve şimdiye kadar olan bütün aktiviteler (Dinler arası iftarlar, projeler, Abant toplantıları vs) bu perspektife göre dizayn edilmiştir.

Bir yanda Büyük Ortadoğu Projesi kapsamında olduğu iddia edilen “Ilımlı İslam” yakıştırmaları bazı güzide Hak dostları ile anılmaya layık görülürken, diğer yandan Kur’an-ı Kerim'de masum bir insanı öldürmenin tüm insanlığı öldürmek kadar dehşet verici (1), hele hele bir mümini kasten öldürmenin şirk günahına eşdeğer sayılmasına  rağmen (2), bu terör eylemleri ile birlikte anılan insanların “Hakiki İslam”ı temsil ettiği iddiası gülünç olmaktan öteye geçmemektedir.